Дело было в makefile, где СС и CXX были указаны как "i686-w64-mingw32-g++". Переименовывание экзэшек - просто костыль, и этим ты только испортишь нормальную работу mingw. Чтобы всё заработало, поройся в makefile-ах и переименуй все "i686-w64-mingw32-*", и потом запускай скрипт, ...